Enquanto se divertem em seu parque de diversões favorito, os irmãos ninjas testemunham o sequestro do super astro de televisão Dave Dragon (Hulk Hogan), pelo malvado Lothar Zogg (Jim Varney) ajudado pela sua linda assistente Medusa (Lona Anderson). Quando os capangas de medusa cercam o parque e exigem 10 milhões de dólares, os ninjas preparam seu ataque. juntos, rocky, Colt e Tumtum asseguram uma verdadeira montanha russa de alegria, ação e comédia. 3 NINJAS: AVENTURA NA MEGA MOUNTAIN é uma sequência sensacional das aventuras anteriores destes irmãos que são pequenos apenas no tamanho.