A história de Guilty Crown se passa em 2039 e gira em torno de Ouma Shu, um garoto que adquiriu uma habilidade chamada poder dos reis, que o permite "extrair" ferramentas ou armas a partir de outras pessoas. Ele se junta ao grupo de oposição chamado Undertaker, com o objetivo de restaurar a independência do Japão de uma organização internacional conhecida como GHQ.