Os Triceratons destruíram a Terra. Todos se foram, incluindo Mestre Splinter. Mas as Tartarugas foram salvas no último minuto pelo Fugitoid. Agora, eles têm que voltar no tempo e atravessar o espaço para encontrar as três partes do Gerador de Buraco Negro, usado pelos Triceratons, e salvar o mundo!